เนสเกินส์เริ่มต้นอาชีพกับสโมสรฟุตบอลในบ้านเกิดใน ค.ศ. 1968 ก่อนที่จะมาเข้าตาไรนุส มิเชลส์ ผู้จัดการทีมอายักซ์ในขณะนั้น และเซ็นสัญญากับอายักซ์ใน ค.ศ. 1970 นักเตะดาวรุ่งผู้นี้ลงเล่นในตำแหน่งแบ็กขวาให้แก่อายักซ์ในนัดชิงชนะเลิศยูโรเปียนคัพ นัดที่เอาชนะปานาซีไนโกส เมื่อ ค.ศ. 1971 ระหว่างฤดูกาล 1971–72 เนสเกินส์ขยับขึ้นมาเป็นกองกลางตัวกลางเพื่อสนับสนุนโยฮัน ไกรฟฟ์ เขาพลิกแพลงให้เข้ากับตำแหน่งใหม่ เพราะเขาเป็นคนที่วิ่งไม่เคยเหนื่อยนอกจากนี้ยังมีทักษะรวมถึงเทคนิคที่ยอดเยี่ยมและจบสกอร์ได้อย่างเฉียบขาด อายักซ์ประสบความสำเร็จด้วยการคว้าแชมป์ยูโรเปียนคัพได้ถึง 3 สมัยติดต่อกันระหว่าง ค.ศ. 1971 ถึง 1973 และเนสเกินส์ได้ย้ายไปร่วมทีมบาร์เซโลนาเมื่อ ค.ศ. 1974 โดยไปร่วมกับไกรฟฟ์และมิเชลส์ ทำให้เขาได้ฉายาว่า "โยฮันคนที่ 2"

ตลอดเวลาที่เนสเกินส์อยู่กับบาร์เซโลนาถือว่าไม่ประสบความสำเร็จเท่าใดนัก (แชมป์ลีก 1 สมัยใน ค.ศ. 1978 และยูโรเปียนคัพวินเนอร์สคัพ ค.ศ. 1979) แต่เขาได้รับความนิยมจากแฟนบอลกระทั่ง ค.ศ. 1979 เนสเกินส์ได้ย้ายไปร่วมทีมนิวยอร์กคอสมอสเป็นเวลา 5 ปีกระทั่งหมดสัญญาเมื่อเดือนตุลาคม ค.ศ. 1984 จากนั้นจึงได้ย้ายไปเล่นให้กับอีกหลายสโมสรก่อนจะประกาศเลิกเล่นฟุตบอลกับสโมสรในลีกสวิตเซอร์แลนด์เมื่อ ค.ศ. 1991 ขณะอายุได้ 40 ปี